Este programa se concentra en el estudio de poblaciones bacterianas, su diversidad y taxonomía, así como en la base molecular de las funciones bacterianas que participan en las interacciones de las bacterias con las plantas, animales y humanos. Además de estos aspectos de la investigación básica, se desarrollan aplicaciones para el mejoramiento del ambiente, la agricultura y la medicina.

El programa comprende dos grupos independientes con seminarios en común e interacción académica constante.

El primer grupo de investigación estudia las bacterias fijadoras de nitrógeno en los nódulos de las legumbres, incluyendo árboles mexicanos utilizados en los programas de reforestación, poblaciones rhizobiales de la selva tropical y áreas cultivadas, endófitos rhizobiales del maíz y simbiontes artrópodos.

El segundo grupo de investigación tiene el objetivo de comprender la forma en que la superficie de las células bacterianas y sus membranas se alteran bajo condiciones de estrés o cuando entran en contacto con organismos superiores, así como las implicaciones funcionales asociadas con estos cambios.